Es el año 2977 y 500 mil millones de humanos anhelan regresar al planeta Tierra que todavía consideran su hogar.

El Capitán Harlock busca un dominio intergaláctico absoluto mientras lucha contra la corrupta Coalición Gaia, que gobierna la raza humana en todos los confines del espacio.

Con el fin de vengarse de aquellos que le han hecho daño a él y a la humanidad, el misterioso pirata espacial vaga por el universo en su nave de combate, la Arcadia, atacando las naves enemigas.

El líder de la flota de Gaia, Ezra, envía a su hermano menor, Logan, para que se infiltre en la Arcadia y asesine a Harlock, pero Logan no tarda en descubrir que las cosas no son siempre lo que parecen y las leyendas nacen por alguna razón.